Операционка это такая же программа, если упрощенно. Процессоры бывают с разной архитектурой, имеющей каждая свой набор команд. Поэтому приложение для ARM не будет работать на процессоре MIPS. Даже если собрано под WinCE, которая есть и для ARM и для MIPS процессоров (это все таки очень разные WinCE, несмотря на то, что версия одна и та же)