Привет. Были подобные проблемы. Решилось заменой переднего подшипника первичного вала и заменой шестерни 3й и 5й передач.
P.S. А как определил, что проблема именно с первичным валом ?
В моем случае при замене сцепления обнаружили люфт переднего подшипника первичного вала. Точнее даже не так .... когда открутили направляющую втулку выжимного подшипника хвостовик первичного вала попросту просел. Это озадачило. Раскидали коробку и обнаружили люфт подшипника примерно 5 мм. Я офигел. В моем случае это вовремя обнаружили. Если долго покататьсмя при таком люфте первичного вала я не удивлюсь, что шестеренкам кирдык настанет.